微软自己的服务器全是 Windows Server 。但 Windows Server 在大型机和大规模集群上面跑不了。所以估计部分机器只能用 UNIX 类系统。记住了：在可口可乐，如果你拿着一瓶百事，你会被立即开除。
一下内容可能需要你有一定的知识才能看懂。
说什么一个收费一个免费都是胡扯。Linux/GNU 的 Free 是自由，而不是免费。商用要看软件协议，免费不免费也要看软件协议。Linux 的操作系统，有的收费，有的不收费。因为他的软件协议是保护你的自由，而不是保护你的钱包。所以有人说 Windows 比 Linux 便宜完全可能，说 Linux 比 Windows 便宜也绝对没错。因为看你用的是什么，怎么用。Linux 的开源使得大家修改他很容易，而且 GPL 协议使得用户也可以获得改进内容再改进再发布。从而使得很多 GPL 协议的软件，会被发展的很大，Linux 内核也因此兼容很多的硬件。病毒在 Windows 的最大问题其实是 Windows 的权限限制太松，导致病毒可以肆意的传播破坏。UNIX 类系统（包括 MAC ）的权限管理延续 UNIX 的多用户多终端的管理理念，从开始就管理的很严格。如果不是这个问题，微软也不会一边挨骂一边加入 UAC 了。
操作系统的安全不是系统的问题，也不是用户的事情，而是管理员。但管理员的层次又很是问题。所以，一个默认就很安全的系统和一个默认就很不安全的系统交给同一个水平的管理员，就能体现出差别。但另一个问题是，合格的 Linux 管理员太少，其实连合格 Windows 管理员都不是很多，所以当只能用 Windows ，而且只能用很烂的管理员管理Windows 时，问题就出现了。完整的生态系统要看是什么系统，你肯定不是高端计算机应用领域的人，所以 Windows 的生态适合你。有的时候，简单是一种负担。
Windows Server 不可能运行在 IBM 的 Power 、ORACLE 的 sparc 等架构上。Windows 只能运行在 x86 的系统上。如果微软用了大型机且非 x86 架构，那么就会出现自己的程序运行不了的情况。
同时 Windows HPC 版好像 CPU 支持不是很多，在超多 CPU 上面，Windows HPC 版就不能用了。bind 这东西完全可以用超大规模的负载均衡实现，不是我说的这两个情况。但 bing 的前端防火墙可能是 Linux 的（但这是机房公司的机器，不是微软的）。
大型机和集群是计算机啊，一般办公机也是计算机啊，你难道认为有了大型机，这个公司就不在需要台式机笔记本了？
听说微软的编译服务器用的是 UNIX 。但这是听说，因为微软的所有对外服务器，都是 Windows 。但并不代表微软内部服务器不用 UNIX 类系统。
微软没必要没义务告诉外人他的计算机是怎么用的。所以大家现在都是猜的。
对于微软的状况来说，现在完全用自己的产品是完全可行的。但可能会有部分地方用自己的东西会导致性能、效果、功能的降低或者欠缺。毕竟 UNIX 系统作出来的时候，微软公司还没成立呢。所以微软用部分非自己产品完全是可能的。当然这种情况肯定会越来越少。超级计算机虽然还是 UNIX 类系统的天下，但至少魔方已经可以跑 Windows HPC （传说现在跑的是 SUSE Linux，只有跑分的时候用的是 Windows HPC 版）。